Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Ερευνών και Ελέγχων είναι οι εξής:

α. Διεξάγει έρευνες και ελέγχους σύμφωνα με τα προβλεπόμενα στην παράγραφο 5 του άρθρου 10 του ν. 4494/2017, καθώς και στα ΠΔ 91 και 96/2018.

β. Διερευνά οικονομικά εγκλήματα, που επηρεάζουν τα συμφέροντα του ΥΠΕΘΑ και των υπαγόμενων σε αυτό ή εποπτευόμενων από αυτό νομικών προσώπων και των ΕΔ.

γ. Διενεργεί προκαταρκτική εξέταση ή προανάκριση για την βεβαίωση των εγκλημάτων της προηγούμενης παραγράφου. Οι πράξεις αυτές ενεργούνται κατόπιν παραγγελίας του αρμόδιου Εισαγγελέα. Είναι δυνατόν όμως να διενεργούνται με εντολή του Υπουργού Εθνικής Άμυνας ή του Διευθυντή της Υπηρεσίας Εσωτερικών Υποθέσεων, χωρίς προηγούμενη Εισαγγελική παραγγελία στις εξής περιπτώσεις:

(1) αν το έγκλημα είναι αυτόφωρο και

(2) αν από την αναβολή υπάρχει κίνδυνος να ματαιωθεί ή δυσχερανθεί η βεβαίωση του εγκλήματος ή η ανακάλυψη του δράστη ή η αποκατάσταση της βλάβης.
Στις δυο αυτές περιπτώσεις ενημερώνουν τον Εισαγγελέα του Αναθεωρητικού Δικαστηρίου, αμελλητί, και ενεργούν σύμφωνα με τις εντολές και οδηγίες του, κατ` ανάλογη εφαρμογή του άρθρου 201 Στρατιωτικού Ποινικού Κώδικα «ν. 2287/1995, ΦΕΚ Λ` 20».

δ. Επιμελείται των εκθέσεων και πορισμάτων των ελέγχων και ερευνών, που συντάσσονται από τους επικεφαλής εκάστου ελέγχου – έρευνας.