Η Υπηρεσία Εσωτερικών Υποθέσεων είναι αρμόδια για:
α. Την παρακολούθηση, μελέτη, ανάλυση, αξιολόγηση και σχετική αξιοποίηση, αναλόγως, σημαντικών, ειδικών ή ιδιαίτερου ενδιαφέροντος οικονομικών γεγονότων, κινήσεων και μεταβολών που άπτονται των οικονομικών συμφερόντων του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας ή των υπαγόμενων ή εποπτευόμενων από αυτό νομικών προσώπων, ή των ΕΔ, στο εσωτερικό και το εξωτερικό.
β. Την πρόληψη και διερεύνηση οικονομικών εγκλημάτων και εγκλημάτων διαφθοράς που βλάπτουν τα οικονομικά συμφέροντα του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας ή των υπαγόμενων σε αυτό ή εποπτευόμενων από αυτό νομικών προσώπων ή των Ενόπλων Δυνάμεων. Για το σκοπό αυτόν οι Οικονομικοί Επιθεωρητές διενεργούν προκαταρκτική εξέταση ή προανάκριση κατόπιν εισαγγελικής παραγγελίας, ενώ συνεργάζονται και επιχειρούν, κατά περίπτωση, σε συνεργασία με τις συναρμόδιες Υπηρεσίες, καθώς και τις εισαγγελικές και διωκτικές Αρχές, σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις.
γ. Την άσκηση των αρμοδιοτήτων της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας, σύμφωνα με τη Φ.800/265/139770/23.12.2014 (Β` 3465) κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών, Εθνικής Άμυνας και Διοικητικής Μεταρρύθμισης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης.
Κατά την άσκηση των ανωτέρω αρμοδιοτήτων της η Υπηρεσία Εσωτερικών Υποθέσεων ζητεί και λαμβάνει στοιχεία από εισαγγελικές Αρχές αν έχει ασκηθεί ποινική δίωξη σε βάρος στρατιωτικού ή πολιτικού προσωπικού του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας και των υπαγόμενων σε αυτό ή εποπτευόμενων από αυτό νομικών προσώπων ή των ΕΔ για τέλεση εγκλημάτων που προβλέπονται από τις διατάξεις της ποινικής νομοθεσίας και η τέλεση ή συμμετοχή σε αυτά, προκαλεί ή μπορεί να προκαλέσει, κατά την κρίση της Υπηρεσίας Εσωτερικών Υποθέσεων, ζημία στα οικονομικά συμφέροντα του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας ή των υπαγόμενων σε αυτό ή εποπτευόμενων από αυτό νομικών προσώπων ή των ΕΔ.
Οι σχετικές εκθέσεις με τα αποτελέσματα των ερευνών που διενεργεί η ανωτέρω Υπηρεσία υποβάλλονται, δια του Υπουργού Εθνικής Άμυνας, στις αρμόδιες κατά περίπτωση Αρχές για περαιτέρω ενέργειες αρμοδιότητάς τους.
